Em 1844 entrou para o Colégio Militar e continuando os seus estudos na Escola Politécnica. Graduou-se no posto de sub-tenente de engenharia.
Em 1856 passou a trabalhar no Ministério das Obras Públicas onde pertenceu à comissão encarregue de estudar as medidas a tomar, contra as inundações do Mondego. Entrou para a "Comissão Geológica" como adjunto de Carlos Ribeiro, em 1857, tendo assumido a direcção deste organismo de 1882 a 1908.
Deixou uma obra científica notável, em que a sua actividade incidiu sobretudo no estudo dos terrenos paleozóicos e ante-paleozóicos de Portugal, sobre os quais publicou importantes trabalhos que ainda hoje, volvidos mais de 100 anos da sua edição, continuam a ser de leitura obrigatória. Ocupou-se, além disso, de problemas de geologia aplicada e de estudos de pré-história. Em 1867 foi publicado o seu primeiro estudo Da existencia do homem no nosso solo em tempos mui remotos provada pelo estudo das cavernas. Noticia ácerca das grutas de Cesaréda.
Exerceu os mais altos cargos públicos, tendo-lhe sido confiados numerosos cargos honoríficos, como a sua nomeação ao Conselho dos Monumentos Nacionais. Representou Portugal no Congresso Internacional de Paris (pré-história) e nos Congressos Geológicos de Bolonha, Londres e Zurique. Foi homenageado com a grande cruz da Ordem Militar de S. Bento d'Aviz, comendador da Ordem de D. Isabel a Católica, oficial da Ordem da Legião de Honra, oficial da Ordem da Coroa de Itália e com medalhas em todas as exposições internacionais nas quais o Serviço Geológico estivesse presente. Foi membro correspondente na Academia das Ciências de Lisboa em 1875 e passou a membro efectivo em 1884. Foi vice-presidente da aula das ciências matemáticas, físicas e naturais e presidente da comissão da redacção do jornal dessa aula.
Foi sócio de várias associações científicas portuguesas, de entre as quais se destaca a Associação dos Engenheiros Civis, o Instituto de Coimbra, a Sociedade Portuguesa de Ciências Naturais e a Sociedade de Geografia de Lisboa, da qual foi vice-presidente, sendo também presidente da secção de geologia. Das associações estrangueiras destacou-se como membro correspondente do Instituto Geológico de Viena, sócio da Sociedade Académica franco-hispano-portuguesa de Toulouse, da Sociedade das Ciências Naturais de Toulouse, da Sociedade Antropológica de Berlim, das Academias de Ciências de Madrid e Barcelona, da Sociedade Geológica de França, da Sociedade Geológica Italiana, da Sociedade dos Antiquários de Londres, da Sociedade Geológica de Londres e da Sociedade Geológica da Bélgica.
Casou em 1860 com D. Maria Ricardina Augusta da Fonseca, da qual teve 3 filhas que muitas vezes o ajudaram nos seus trabalhos. Reformou-se da carreira militar com o posto de General de divisão em 1899.
Faleceu com 73 anos e foi sepultado em Lisboa no cemitério dos Prazeres.
e-GEo - Sistema Nacional de Informação Geocientífica. Biografia de Joaquim Filipe Nery da Encarnação Delgado (1835-1908). [Online] URL: http://e-geo.ineti.pt/geociencias/edicoes_online/biografias/nery_delgado.htm. Acedido a 30 de Outubro de 2007.
